Bonifacio IX, (* Nápoles, ha. 1356 - † Roma, 1 de octubre de 1404). Papa nº 203 de la Iglesia católica de 1389 a 1404 es el segundo papa del periodo dominado por el Cisma de Occidente.
De nombre Piero Tomacelli, perteneciente a una familia noble pero empobrecida, uno de sus primeros actos de su pontificado fue la excomunión de Clemente VII que ejercía también el pontificado desde Avignon. El antipapa Clemente respondió con la excomunión de Bonifacio.
El enfrentamiento eclesiástico entre Bonifacio IX y Clemente VII se extendió al terreno político y el recién elegido Papa coronó, en 1390, rey de Nápoles a Ladislao para enfrentarlo a Luis de Anjou a quien Clemente había a su vez coronado en 1389. También logró acabar con los últimos rescoldos del movimiento comunal romano recuperando el Castillo de San Angelo y fortificándolo junto con otros puntos estratégicos de Roma.
Durante su pontificado no sólo tuvo enfrente al antipapa Clemente, ya que tras la muerte de este, en 1394 la sede de Avignon eligió al cardenal español Pedro Martinez de Luna que adoptó el nombre de Benedicto XIII.
Las potencias europeas ven una oportunidad de acabar con el Cisma y recurren a un informe que la Universidad de París había publicado en enero de 1394 proponiendo tres vías no violentas de acabar con el cisma:
La "via cessionis", que propuganaba la abdicación voluntaria y simultanea de los dos papas seguida de una nueva elección.
La "via compromissi", que suponía estudiar los derechos de ambos Papas por una comisión arbitral que decidiría quien era el papa legítimo, y
La "via concilii", que defendía la convocatoria de un concilio ecuménico que decretaría quien sería papa.
Bonifacio IX rechaza las tres soluciones mientras que el antipapa Benedicto XIII sólo se opone totalmente a la vía conciliar.
La falta de acuerdo hace que las potencias europeas amenacen a los dos pontífices con retirarles sus respectivos apoyos, amenaza que sólo cumplen los monarcas que apoyan a Benedicto pero que no supuso el fin del Cisma ya que aunque sin apoyos el antipapa siguió sin someterse.
En otro aspecto, es de destacar que durante el pontificado de Bonifacio IX se celebraron dos jubileos, el del año 1396, que había sido convocado por Urbano VI; y el de 1400 en el que hicieron su aparición en Roma los "Bianchi" o "Albati", grupos de penitentes flagelantes que procesionaban encapuchados, con habitos blancos y con una cruz roja dibujada en la espalda; y que tal número de disturbios y sucesos sangrientos que Bonifacio condenó a la hoguera a su líder y disolvió a sus adeptos.
Un año antes, Bonifacio IX había hecho un llamamiento a la cristiandad occidental para socorrer al emperador bizantino Manuel II Paleólogo, amenazado por el sultán otomano Bayaceto. Tal llamamiento no despertó entusiasmo alguno, aunque el Imperio bizantino se salvaría poco después, prolongando su existencia algunas décadas más, por la fulminante irrupción de Tamerlán, que obligó a Bayaceto a retirarse.
Bonifacio IX murió en 1404, luego de una breve enfermedad.
Las profecías de San Malaquías se refieren a este papa como Cubus de mixtione (Cubo de mezcla), cita que hace referencia a que en el escudo de armas de su familia figuran unos cubos entrelazados.