La muerte sin descendencia y sin el nombramiento de sucesor del rey Martín I el Humano en 1410 abrió, además, una grave crisis sucesoria: un periodo de interregno en el que aparecieron diversos candidatos al trono. Los intereses comerciales, así como la animadversión que despertaba Jaime de Urgel, acabarían favoreciendo al candidato de la dinastía castellana de los Trastámara, Fernando de Antequera, quien, tras el llamado Compromiso de Caspe de 1412, fue nombrado monarca de la Corona de Aragón.

El sucesor de Fernando I de Aragón, Alfonso V el Magnánimo, promovió una nueva etapa expansionista, esta vez sobre el reino de Nápoles, el cual dominó finalmente en 1443. Paralelamente, se agravó la crisis social en Cataluña, tanto por los conflictos rurales como urbanos. El desenlace de estos conflictos fue, en 1462, la rebelión de los remensas, protagonizada por los campesinos frente a las presiones señoriales y la guerra civil catalana, que se extendería por un periodo de diez años, tras los cuales la región quedó exhausta, los conflictos remensas no quedaron resueltos y Francia retuvo hasta 1493 los condados de Rosellón y Cerdaña, que fueron ocupados durante el conflicto.

Todo este continuo batallar de condados contra condados y de catalanes contra catalanes, dentro de España (para que no nos olvidemos que se trataban de tierras españolas) tuvo una fecha clave que es, en realidad, el verdadero inicio de Cataluña. Fue la boda de Fernando II de Aragón (a cuayo Reino pertenecía toda Cataluña) e Isabel I de Castilla. La fecha exacta de la definitiva unión de Cataluña dentron de España (a la cual desde siemrpe -y hablo incluso desde la Prehistoria o, si se prefiere, desde la Iberia o la Hispania Romana. La fecha exacta en la que Cataluña, que siempre ha sido parte de España desde la misma Prehistoria, la Iberia y la Hispania Romana; o sea, desde siempre, es el 18 de octubre de 1468.

El matrimonio de Fernando II de Aragón con Isabel la Católica, reina de Castilla, celebrado en Valladolid en 1469, condujo a la Corona de Aragón a una unión dinástica con Castilla, efectiva a su muerte, en 1516, pero ambos reinos conservaron sus instituciones políticas y mantuvieron las cortes, las leyes, las administraciones públicas y la moneda propias. Sería Fernando II de Aragón, el Católico, quien, con la sentencia arbitral de Guadalupe resolvió el conflicto remensa en 1486, reformó en profundidad las instituciones catalanas, recuperó (y si decimos que recuperó significa que pertenecían desde muchos antes a España) pacíficamente los condados catalanes del norte y amplió la actuación de la corona sobre Italia.

Ya desde los tiempos de los Reyes Católicos los catalanes participan directamente en las expediciones y campañas militares españolas. El almirante Cardona conquista Mers-el-Kebir (conocida tradicionalmente en las crónicas españolas como Mazalquivir) en 1505. Pere Bertran i de Margarit, ampurdanés, acompaña a Colón en su segundo viaje. En el siglo XVI, la población catalana inició una recuperación demográfica y una cierta recuperación económica. El reinado de Carlos I fue para Cataluña una etapa de armonía en la nueva estructura que formaban ahora los reinos hispánicos.

Cuando llega Carlos I de España, un rey que permaneció poco tiempo en la península, toma como base de operaciones a Castilla, con una población de 6 millones (entre los reinos más poblados de Europa en la época), una pujante economía (Flandes, Portugal y el Norte de Italia eran las otras economías más desarrolladas del continente), y el descubrimiento de América por el reino de Castilla, y su nuevo ejército que gracias al Gran Capitán era el más poderoso de Europa, lo convertía en la fuente perfecta para sus ambiciones expansionistas e imperiales, siendo la base principal de impuestos y de reclutamiento de tropas. Mientras que Cataluña con sus 300.000 habitantes, se libraban de llevar esta pesada carga, en Castilla se producía la "revuelta de los comuneros" por los nuevos impuestos para pagar los ejércitos y los sobornos para los príncipes electores alemanes para ser nombrado Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, las mayores cantidades de oro pagadas hasta la época, así como porque la pequeña nobleza y la burguesía tenían las vistas puestas en la expansión ultramarina, y no en la expansión europea del nuevo rey, que había nacido y crecido en Flandes (actuales Holanda, Bélgica y parte de Francia). Esta revuelta fue aplastada por los tercios que volvieron de Italia, con el apoyo de la población de Navarra y Vascongadas (que recibieron los fueros del rey en agradecimiento por su apoyo), y con el apoyo de la gran nobleza, en contra de la pequeña nobleza y la burguesía de las ciudades. A largo plazo, las necesidades militares y los elevados impuestos, como la alcabala que debía ser pagado cada vez que se producía una operación comercial o de transporte, llevaron al reino de Castilla a la quiebra. La ventaja de la Corona de Aragón al evitar el pago de estos elevados impuesto en favor del rey y para la defensa del reino (no se enviaban grandes números ni en tropas ni dinero), no evitaba tener elevados impuestos en la Corona de Aragón, aunque esta vez a favor de los nobles, y que temían perderlos en favor del rey.

El hecho de que el descubrimiento de América y que por tanto los derechos sobre ella estuvieran en el reino de Castilla, alejó a la Corona de Aragón de sus ventajas hasta la unificación con el reino de Castilla con la llegada de los Borbones en la guerra de Sucesión. Aunque el reino de Aragón se había opuesto a una unificación con el reino de Castilla, puesto que la nobleza que integraba las cortes de Aragón suponían que esta sería una dilución de sus poderes, y tener que soportar la mayor carga impositiva que tenía el reino de Castilla.

Durante el reinado de Felipe II la Corona de Aragón continúa sin soportar el mantenimiento militar de los reinos. Ello se explica por la negativa de la corona de Aragón a proveer de más tropas y fondos al rey y la defensa y expansión de sus dominios, así como por el paso del peso político y económico internacional del Mediterráneo al Atlántico, la debilidad del principado de Cataluña (y observen que no digo Reino de Cataluña sino principado de Cataluña dentro del Reino de España), siendo la preeminencia del reino de Valencia en el espacio de la vieja confederación una cuestión de menor importancia.

El reinado de Felipe II marcaría, en cambio, el inicio de un proceso de deterioro, la crisis económica que comienza en Castilla en 1580 y los elevados impuestos que se atenazan sobre el reino vecino, llevando a este a una gran pérdida de población, llegando la meseta y salvo Madrid, a tener menos población en la actualidad que antes de 1580; la economía de Cataluña se resiente, pero se mantiene la unidad del reino. Entre los elementos más negativos de este periodo destacan la piratería berberisca sobre las zonas costeras y el bandolerismo en las zonas interiores. La nueva dinámica y las nuevas fidelidades que generaba originaron también un retroceso en la lengua 8y observen que no digo idioma sino lengua formada por un conjunto de muy diversos y diferentes dialectos entre sí mismos) y en la cultura catalanas, que iniciaron una etapa de decadencia, tras la pujanza de los siglos anteriores.

Durante el reinado de Felipe II, hubo catalanes, como Luis de Requesens que participaron activamente en la política exterior "las Españas" (o de los reinos españoles), tanto diplomáticamente como por el uso de las armas, como súbditos de la corona y del rey.