Es algo complicado... Primero debemos aclarar el concepto de "Naturaleza", y tener claro si nos referimos al Universo al completo o tan solo en lo relacionado con la vida. Para mi es el todo, lo equivalente a todos los procesos físicos, todo lo material.
Empecemos a tomar relación entre la naturaleza y algo que ha derivado de ella muy despreciable e interesante: El ser humano.

Si reducimos a todos los seres vivos a una estructura compleja común, nos encontramos con los genes, en esa magnitud unas pocas proteínas según su localización en la cadena pueden dictar si el individuo será una vaca o un mosquito, una ballena o un roble, cualquier comparación a cada cual más absurda. Lo que quiero decir es que, biológicamente, hay un nivel en el que todos los seres vivos somos iguales en complejidad, aunque tengamos diferencias "estructurales", lo que permite deducir que todos los seres vivos tenemos un origen común, desde esa primera cadena de ácidos nucleicos o una bacteria, lo que sea, desde entonces la vida se ha ido difuminando y multiplicándose en todas las formas y tamaños, pero solo ha habido una especie que ha destacado en un aspecto, si buscáramos una conclusión filosófica al respecto me temo que acabaríamos percatándonos de que por muy extraña que sea le mente humana y nuestro comportamiento, está dentro de los esquemas de la naturaleza, de los cuales, es imposible salirse... o no.

¿Son naturales las características de los seres humanos más innaturales e irracionales?
(En mi opinión, ésta es una pregunta con muy mala ostia, y en mal momento se le ocurrió a mi estúpido cerebro xD)

-Por una parte podemos reducirlo todo a que, sí, son naturales porque la naturaleza es TODO lo existente y por tanto nada que exista puede ser "no natural".

-Y la otra y más interesante la mezclaríamos con: ¿Puede existir algo no natural?
"En parte" creo que la mente humana podría no ser del todo natural y de alguna manera sí que podría existir "algo" no natural, me estoy refiriendo al mismo pensamiento, es un poco difícil, mira, para todos los humanos, pensar es algo natural <un humano no puede -no pensar-> es algo innato, aunque no nos enseñaran nada, ni siquiera a hablar, pensaríamos, claro que eso es difícil de comprobar experimentalmente.
Si tomamos el término naturaleza como algo físico o el comportamiento de la vida y su evolución, podemos toparnos con algún bache, y con esto retomo la respuesta, que enseguida me voy del tema. El acto de pensar está fuera de la norma de la vida, un humano puede decidir que hacer con su existencia, incluso acabar con ella, eso en principio va en contra de lo natural, tampoco conozco todos los planos naturales que pueden haber, pero creo que la capacidad de manipular hasta cierto punto la vida, se sale de la naturaleza, al no ser que la naturaleza contemple que el ser humano puede hacer todo lo que hace y más, burlar a la muerte estaría dentro de los esquemas naturales? es natural por ejemplo, morir de hambre por voluntad propia? es natural volverse loco? tendríamos que saber que cosas son naturales y cuales no, dejo la respuesta al criterio del lector de este texto de principiante pasao de vueltas